由于每次的工程费用都会是上百万，上千万甚至是上亿，面对如此大的金额，对于工程款的支付不可能会是一次性付完的，因此会分为十次，甚至几十次。由于工程款支付的次数多了，往往会造成一些财务上的纠纷，因为如果当事人的财务发生了一些混乱，不能够清楚的知道有关款项是否到账很容易发生问题。因此工程款的支付需要很细心，很用心的去打点，是一件很费精力的事情。
一般情况下工程款支付会以以下几个方面来进行：一是直接将工程款打入承包方的指定账户。第二种是选取承包方的有关人员，将工程款打给这个指定的人。第三种方式是将工程款打给第三方，由第三方在转打给承包方。第四种方式是在一些企业资金不足的情况下，会使用房屋抵债。
工程款支付的注意事项
1、在使用将工程款直接打到承包方指定的账户时，你需要注意，在每次打款时应该留有票据，在留有票据的情况下，一但出现问题可以根据票据取证。
2、在使用将工程款直接打给个人的请况时，应注意与这个指定的人履行委托授权手续，此手续应咨询有关人员，需要履行规范的手续。许多问题的发生是因为在签署委托授权手续时不够规范，让一些心存不轨的委托人钻了法律的空子，从而让他们逍遥法外。在这里需要向指定的人员开据规范的收款凭据，并且收款日期、收款金额与实际中的要相符。
3、使用第三方方式支付时，需要签订规范的书面协议，每次打款需要有完备的凭据，还需要在行政机关或者司法机关的组织协调下进行，以免被第三方恶意诈骗而造成无法估量的损失。
4、一些房地产企业在不能够支付资金的情况下会选择使用房屋抵债，只是在使用此方式时，并不是单纯的交换模式，是需要开发商与购房人签订一些合同并开具一些有效的发票的，只是由于价格上的不能妥协和房屋在开盘后的不定因素容易造成纠纷。
工程款的付款方式为：
1.项目无工程预付款。工程款按形象进度支付已完成工程量的80%进度款，工程竣工验收合格办理完结算并经审价确认后，付至结算价的95%，余款待保修期满(2年)，无质量争议一次付清。 特点：付款周期长，发包方愿意采用这种办法，承包方一般不愿意接受，因为他们的资金可能跟不上工程进度。
2..项目无工程预付款。工程款按2层完毕后开始支付已完成工程量的80%进度款，以后按月支付已完工程量的80%进度款，工程竣工验收合格办理完结算并经审价确认后，付至结算价的95%，余款待保修期满(2年)，无质量争议一次付清。
3.项目无工程预付款。工程款按完成2.8万平方米后开始支付已完工程量80%进度款，以后按月支付已完工程量的80%进度款，工程竣工验收合格办理完结算并经审价确认后，付至结算价的95%，余款待保修期满(2年)，无质量争议一次付清。
4.① 合同内部分：±0.000以下工程施工完成后支付已完工程产值的60%，其余部分按③支付;±0.000以上工程按当月完成产值的70%支付工程款。
② 承包人：a.在每月25日前向发包人报送月完成工作量预算书、钢材商砼使用量明细表及形象进度表，一式三份，并应附有进度说明;b.由承包人向监理提交已完成工作量报告,监理在接到日内审核完毕后报发包人工程管理部进行审核; c.发包人工程管理部在3日内审核完毕并同意支付工程进度款后，将审核完毕的已完工作量报告移交到发包人成本控制部;d.发包人成本控制部在7日内审核完毕后报发包人财务审计部，据此支付工程进度款。
③ 变更、签证部分：按当月发生量的50%支付，其余款项在竣工结算完成后按工程款支付比例一并处理。
④ 承包人应在每月、季前5天向发包人报送当月、季度施工作业计划，一式二份，并应确保其计划的具体实现，计划应注明需要发包人配合的工作和进行施工时将要安装的设备的名称、数量、具体供应时间。
⑤ 工程竣工五方验收后支付到工程合同价款的80%(变更、签证部分价款只支付到50%);交钥匙并交齐所有竣工资料后支付到工程合同价款的85%(变更、签证部分价款只支付到50%)。待所有工程竣工结算后，支付到工程结算总价款的95%，余下结算总价款的5%为质量保证金，质保期满后一次付清。
对于工程款支付是每项工程的大事，只有钱财及时有效的到位，工程才可以按时完成。对于一项工程来说，时间是等不起的，因此要保障好工程款的到位情况，并且减少有关的纠纷。每个人都只是为了赚钱，都不容易，因此希望能够多加细心且小心。