纵观清朝三百年，尤以清初最为混乱，疑案层出不穷，其中最为着名的要数清宫三大案了，它们分别是太后下嫁，顺治出家，雍正即位。而在这三大案中又以太后下嫁争议最多。一种说法清太宗皇太极晏驾后，谁来继承王位成为了当时最为敏感的问题，满清贵族内部的斗争到了白热化的程度，以努尔哈赤十四子多尔衮和以皇太极长子豪格为首的两大政治集团互不相让，甚至有爆发战争的危险。
就在这时.当时还是妃子的孝庄文皇后找到了多尔衮，提出让多尔衮拥戴福临即位作为条件之一就是多尔衮担任摄政王，多尔衮权衡利弊后，同意了孝庄文皇后的意见。但有人认为其中还有一个不可告人的秘密就是多尔衮与孝庄文皇后进行了一次权色交易。
多尔衮少年得志，意气风发，但就是由一个弱点，好色，而且对她的嫂子孝庄文皇后尤其注意，甚至到了痴迷的程度。孝庄早就意识到了这一点，因此，在皇位继承的关键时刻使出杀手锏，一举成功，使自己的儿子福临成功地继承了皇位。此后，多尔衮率兵打进北京，并控制了当时的军政大权，他已经不满足于偷偷摸摸，开始公开出入后宫禁地，而当时满族的习俗兄长死后弟弟可以娶嫂子，父亲死后儿子可以娶父亲的妾，因此对多尔衮的所作所为满洲贵族并不在意。而当时汉族的知识分子虽有在朝为官者但都人人自危。所以多尔衮和皇后的感情发展可以说完全没有阻碍。当时朝中有一位重臣叫范文程，是范仲淹的后裔，早年就追随太宗，深得顺治皇帝与太后的信任，皇后下嫁就是由他首先提出来的。有人说他是受了太后的指使，有人说他是应多尔衮之请，还有人说他是为了取悦当权派，总之，是范文程首先提出让太后与多尔衮夫妻团圆。但也有野史称，是前明降臣钱谦益向多尔衮提出此动意的。多尔衮与小皇帝顺治一直关系不好，这对摄政王多尔衮来说一直骨鲠在喉。而此时多尔衮元妃去世，多尔衮郁郁寡欢。钱谦益就此向多尔衮说，"无非再娶，以慰悼亡"。就此即请皇太后下嫁多尔衮，使传言变现实，实至名归，另外这样也正好控制顺治。这一提议很快就得到了多数大臣的支持，而福临也碍于多尔衮的权势勉强同意。就这样，太后正式下嫁多尔衮为妻。而因此，孝庄死后，康熙等后代子孙因其丢了爱新觉罗家的脸面，将她葬在了清东陵陵区外。还有一说是，摄政王王多尔衮在逼死政敌豪格后，娶了豪格的福晋，来自科尔沁蒙古草原的博尔济吉特氏。但是民间却以讹传讹，传说当今皇太后，同样来自科尔沁的博尔济吉特氏下嫁多尔衮，文人们还写成文章，编造了种种传说，生动描绘了皇太后和摄政王的亲事。其实，"太后下嫁"之说，首先起因于顺治五年（1648年），多尔衮被封为"皇父摄政王"。这个怪异的称呼使人们引起了各种的猜测。大家认为，皇帝之母降贵屈尊下嫁，才使多尔衮有了这种尊称。
而也有人称当时顺治是为了孝顺，考虑到母亲的孤苦及与多尔衮多年的情谊，和多尔衮对自己拥立帝位的恩情，在大臣的提议下议请多尔衮与母亲结合。父死子娶其庶母，兄死弟娶其嫂的婚俗，在当时满洲风俗来说十分正常。
但不管怎样，"太后下嫁"的故事，折射出了顺治帝和孝庄皇后这对孤儿寡母当时尴尬险恶的政治处境。而明张煌言作诗"上寿称为合卺樽，慈宁宫里烂盈门，春官昨进新仪注，大礼恭逢太后婚"倒是实有其事。对"太后下嫁"的故事，虽然野史中记载很多，但在清史稿中并没有提到。从事实来看，孝庄皇后死后，清王朝又延续了二百多年。这期间，大清诸朝对她尊崇备至，极尽歌功颂德之事。当然也有一说：据说到了乾隆时期，纪晓岚在整理清宫档案时，觉得这一事件有辱皇家尊严，因此奏请皇帝批准，从档案中删去这一部分内容，从此，再没有人提起这件事。不过，皇后下嫁的故事却广为流传。